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植物园建有科普馆,建筑面积2670平方米,占地面积0.5公顷。科普馆由室内场馆展览“植物博物馆”展厅和两个临展厅构成。通过大量展品,通过绿色环保、返璞归真的视野,逐一而详实的展示植物对人类的种种贡献,强调植物在人类生活中的重要地位。长期以来致力于普及植物知识、宣传环境保护、生物多样性保护,通过科普展览,主题活动,系列课程等传播方式,使人们进一步理解植物在人类生活中的重要作用,充分认识植物园在保护环境和实现社会可持续发展中的重要作用,从而增强对日益严峻的城市环境和生态问题的关注。此外,全年对外开展科学探索、讲座、兴趣小组、比赛等活动项目,全方面向游客宣传和普及科学知识,科普馆是植物园普及科学知识、提高公众科学素养的固定科普场所。植物园先后被评为全国青少年教育基地、全国中小学生环境教育基、首都生态文明宣传教育基地、北京市科普教育基地,北京市首批环境教育基地等称号。
王康,北京植物园科普中心主任,高级工程师,中国科学院老科学家科普演讲团成员,中国科协聘任的植物分类学首席科学传播专家。曾先后多次赴欧美著名植物园访问与学习,一直从事科学普及和植物引种工作,多次参加、组织国内外植物考察和采集活动。
陈红岩,北京植物园科普中心副主任,工程师,专注于植物科学传播、科普活动策划、科普新媒介探究及科普文章写作。负责科普活动策划及实施,潜心钻营植物园特色科普形式,依托植物良好的资源,以植物为主,动物为辅,通过展览、活动、图书出版等多种方式普及知识。
付佳楠,北京植物园科普中心科普老师,负责植物科普教育活动的组织及实施,擅长纸艺手工,运用不同形式的植物手工引导孩子观察植物细节、发现自然之美,激发孩子对自然的好奇和喜爱,具有丰富的青少年科普教育工作经验。
张雪,北京植物园科普中心科普老师,高级工程师,负责“自然享乐”系列植物科普活动组织与实施,擅长把理论课程与实践探索相结合,让公众更好了解植物知识,具有丰富的自然教育、植物科普活动的实践经验。 
冯朋贝,北京植物园科普中心科普老师,负责植物科普教育活动的组织与开展,以自然游戏、五感体验及手工制作相结合的方式,引导参与者发现、感知自然之美,激发公众对自然的兴趣以及提升自主学习的能力。
覃舒婕,北京市植物园科普中心科普老师,具有良好的植物科学绘画素养,擅长运用自然笔记的方式带领公众走进植物。教学理念:不论年龄和基础,每个人都可以画出准确有趣的植物画。
陈泓安,北京植物园科普中心科普老师,主要负责植物科普展览规划设计,植物科普宣传展板及植物科普产品的开发,擅长通过设计的视角开展植物科普活动。
北京植物园以其丰富的植物资源、卓越的园林造景和深厚的文化内涵,向世人展示着植物自身的魅力。自1956年建园以来,植物园始终把普及植物科学知识当作首要任务。2009年中国科学技术协会授予北京植物园2010-2014年“全国科普教育基地”称号;2008年北京市科学技术委员会授予“北京市科普教育基地”,同年还获北京市教育委员会授予的“北京市青少年校外活动基地”;2008年中国生物多样性保护基金会授予北京植物园“中国生物多样性保护基地”称号;2005年中国植物保护协会授予“全国野生植物保护科普教育基地”称号;2005年北京市科学技术委员会授予北京植物园“北京市科普工作先进集体”的荣誉称号.
北京植物园科普馆1996年建成,建筑面积2160平方米,举办常规科普展览及临时展览,并建立了游客服务网络。热带植物展览温室兼具生物多样性保护、科普教育、科学研究和植物观赏的功能,是开展科普活动的重要场所。北京植物园拥有科普画廊五处,共计90延长米。科普画廊内容主要包括:植物的结构系列展板、月季、桃花、牡丹、荷花等传统名花专项展览、植物园发展历程等。
北京植物园多年来坚持举办各种植物专题展览,向游客传播植物知识。北京植物园针对不同知识层次的受众,开展形式多样的科普活动,如:在中小学生寒暑假期间,举办“科普一日游”活动;面向市民开展“北京市生物多样性科普活动月”宣传活动;周末组织“专家系列科普讲座”,邀请园林、植物专家学者,就市民普遍关心的环境保护、家庭养花、庭院布置等问题进行科普讲座和咨询。植物园对于提高全民素质的重要价值已经得到了广泛的认同。